公元10世纪初期，佛教在西藏再度复兴起来。复兴的佛教以密教为宗，并在与苯教长期斗争与融合中，吸收了不少苯教的色彩。
在这段时期中，由于佛教的修行方式与传承系统各自不同，形成了许多教派。在长江流域的藏传佛教地区，这些教派都有存在。
宁玛派是西藏各教派中历史最久远的。由于该派僧人都戴红帽，所以又称为“红教”。宁玛有两个意思，一是古，二是旧。该派认为他们的教法是公元8世纪，也就是在藏传佛教的前弘期，由莲花生传下来的。
与在后弘期由印度再次传入佛教典籍而形成的其他教派相比，宁玛派强调他们传承的是更古老的旧派的密教思想。不过也因为古老，宁玛派的学说吸收了较多苯教内容。
他们的佛经一部分是源自前弘期传承下来的，还有一部分是“伏藏”,就是挖掘出来的埋藏地下的古经。他们认为在前弘期，莲花生等人将很多经藏埋藏于地下，躲过了灭佛而保存下来了。
但宁玛派在前弘期是松散的家族式的传承，没有固定的组织和寺院，公元11世纪因为素尔家族的父子相承的三代人的努力，才正式成为一个教派。
素尔家族的这三个人也被称为三素尔。第一个是素尔波且(公元-年),其名字意为“大素尔”,他为宁玛派建立了乌巴垄寺。
第二个是素尔穷喜饶扎巴(公元年),又称甲卧巴，也称拉杰钦波(意为大医师)。他本是一个行乞僧人的儿子，后被素尔波且收为养子，继承了乌巴垄寺寺主的职务。
第三个是濯浦巴.释迦僧格(公元-年),有时也称为拉杰钦波濯浦巴，是喜饶扎巴的儿子，建立了濯浦寺。三素尔整理宁玛派的经典，修建寺院，建立宗教组织，使宁玛派正式成为一个藏传佛教派别。
此外，绒却吉桑波、隆钦饶降巴等人也对宁玛派有重大贡献，翻译、修订了宁玛派的密法经典。到17世纪五世达赖时期，格鲁派(黄教)对宁玛派给予了很大扶持，使宁玛派得到很大发展。
宁玛派的寺院数量很多，仅次于黄教格鲁派。在长江流域也有宁玛派寺院。例如位于西藏自治区昌都地区芒康县宗西乡境内的吉斯寺，是芒康县五十二座寺庙中最大的一座寺院。
此院位于西藏自治区昌都地区芒康县宗西乡境内的尼果寺，寺中有九层(每层有4米)多高的莲花生大师的佛像和他的灵塔。
